大理学院成立至今始终坚持走科研强校的发展战略，经过努力，学校科技创新取得了可喜的成绩和长足的进步。
学校党委和行政部门极其重视学校的科研工作，制定了学校的科技创新发展规划，组建了学校的科研管理机构，陆续创建了５个校属研究所，积极加入云南省国家大学科技园，成立了大理学院大学科技园分部，逐步构建了学校的科技创新体系。学校还陆续制定并出台了一系列激励科研的政策措施和规范科研管理的规章制度，积极鼓励教师申请承担各级各类纵向、横向科研项目，并给予相应的经费匹配；投入经费设立了４个校内科研基金，即教师科研基金、学术著作出版基金、应用开发研究基金和大学生科研基金，每年直接支持校内基金项目的经费达３０多万元。此外，学校积极引进高学历高职称教学科研人才，并对引进的人才给予科研启动费支持，教授或博士每人１０万元，特需学科和专业的硕士每人５万元。这些激励政策和措施的实施，极大地活跃了学校师生的科研学术活动，推进了学校科研工作上水平、上台阶、出成果，带动了学校的学科建设和专业建设。
截至目前，学校共获得数百项纵向和横向科研项目，其中国家自然科学基金项目１３项、国家计委“九五”重点攻关项目１项、国家社科基金项目２项、卫生部科学研究和教育部人文社会科学研究项目共３项、省级科研项目２９项、国外基金项目３项、教育厅、卫生厅和大理州等厅级科研项目９０多项、地方科技合作项目５项。由国家级突出贡献专家李树楠教授主持研究的“蟑螂系列中药开发研究”项目，在全国乃至世界独树一帜，受到卫生部的表彰，其中“心脉隆”和“肝龙”两项成果获得３个国家二类新药证书，并成功地向企业实施了转化，是新中国成立以来云南省获得新药证书最多的单位之一。学校共获厅级以上科研成果奖励６１项，其中省部级奖励１４项，厅级奖励４７项；获得国家发明专利３项、实用新型专利３项；近５年以来，出版专著、主编或参编教材８６部，其中主编、参编各类全国使用教材２７部；发表论文１８００多篇，其中被ＳＣＩ、ＥＩ收录８５篇；学校还获得省级重点建设学科４个、省级人文社科研究基地１个、省高校重点建设实验室２个、省高校联合培养研究生创新基地１个；有４人入选省学术技术带头人后备人才、３人入选省高校教学科研骨干教师。
２００５年和２００７年，大理学院先后召开了两次全校性科研工作会议，总结学校科技创新取得的成绩、经验和存在的问题，大力表彰奖励科技创新先进集体和先进个人，全面推进学校未来的科技创新发展。学校将坚持按照“纵向提升、横向拓展、向下延伸、积极转化”的科研工作思路，积极推进科技创新工作，并将不断加大对师生科技创新活动的经费支持，使学校自然科学和人文社会科学的研究水平在云南省高校中处于较先进的地位，使学校为区域经济建设和社会发展服务的能力和水平显著提高。
